Το λιμάνι του Ηρακλείου χωρίζεται στο παλιό, ενετικό λιμάνι και στο νέο λιμάνι για επιβάτες και εμπορεύματα.
Το ενετικό λιμάνι του Ηρακλείου βρίσκεται στο τέλος της οδού 25ης Αυγούστου, του πεζόδρομου που ξεκινά από το κέντρο (Μεϊντάνι, Λιοντάρια) και καταλήγει στο φρούριο Κούλες. Πρόκειται για το παλιό λιμάνι του Ηρακλείου, που σήμερα φιλοξενεί καΐκια και κότερα, και η ιστορία του είναι τόσο παλιά όσο και της πόλης του Ηρακλείου.
Το νέο, σύγχρονο λιμάνι επιβατών και εμπορευμάτων ξεκινά ανατολικά από το παλιό.
